厦门特殊样本Real-time PCR原理及步骤

Real-time PCR探针法适用于：1、具有高适应性和可靠性，实验结果稳定重複性好，特异性更高。2、适用于扩增序列专一的体系的检测。3、样品中靶基因含量过低的定量PCR检测。4、靶基因的特异序列较短，无论怎样较佳化引物设计条件都不能解决。5、存在与靶基因同源的序列，在PCR中容易出现非特异性扩增，对特异性要求较高的定量。6、普遍用于人类传染病的诊断和病原定量,在动物病原体基因的检测,畜禽产品的检验检疫,生物製品的鉴定。Real-time PCR探针法:PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的萤光探针，该探针为一寡核苷酸，两端分别标记一个报告萤光基团和一个淬灭萤光基团。探针完整时，报告基团发射的萤光信号被淬灭基团吸收；PCR扩增时，Taq酶的5’-3’外切酶活性将探针酶切降解，使报告萤光基团和淬灭萤光基团分离，从而萤光监测系统可接收到萤光信号，即每扩增一条DNA链，就有一个萤光分子形成，实现了萤光信号的累积与PCR产物形成完全同步。重叠延伸聚合酶链反应可以将缺失、插入或点突变引入DNA序列。厦门特殊样本Real-time PCR原理及步骤

所谓real-timeQ-PCR技术，是指在PCR反应体系中加入荧光基因，利用荧光信号累积实时监测整个PCR进程，之后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。在real-time技术的发展过程中，两个重要的发现起着关键的作用：（1）TaqDNA多聚酶的5′核酸外切酶活性的发现，它能降解特异性荧光记探针，因此使得间接的检测PCR产物成为可能。（2）此后荧光双标记探针的运用使在一密闭的反应管中能实时地监测反应全过程。这两个发现的结合以及相应的仪器和试剂的商品化发展导致real-timeQ-PCR方法在研究工作中的运用。厦门特殊样本Real-time PCR原理及步骤实时荧光定量PCR技术有效地解决了传统定量只能终点检测的局限。

聚合酶链式反应又称多聚酶链式反应，是一项利用DNA双链复制的原理，在生物体外复制特定DN段的核酸合成技术。透过这项技术，可在短时间内大量扩增目的基因，而不必依赖大肠杆菌或酵母菌等生物体。聚合酶链反应是是一种简单，廉价和可靠的方法复制DN段，这个概念适用于现物学和相关科学的许多领域。PCR可能是分子生物学中使用很较广的技术。这种技术被用于生物医学研究，犯罪取证和分子考古学。通常，PCR由一系列20-40次重复的温度变化组成，称为热循环，每个循环通常由两个或三个离散的温度步骤组成。聚合酶链式反应准备：引物内部不应出现互补序列。

Real-time PCR双荧光标记探针设计原则：具体的其他要求可以具体联系设计公司，拿到合成好的引物，需要先确认引物的性能。可以用这对引物先扩增梯度稀释后的标准品（标准品介绍见后续内容）。由不同梯度标准品的加量和其对应的Ct值，描绘出一条标准曲线。这里要注意根据标准曲线得到的参数是非常重要的。引物性能确认：1.决定系数R2大于0.98，越接近于1，结果越可靠。2.扩增效率一般要求在0.8-1.2，越接近于1，越好。3.检测的灵敏度，必须确认，通常要求35个循环以内，一般可以得到比较好的定量结果，30个循环以内，没有非特异性扩增产生。4.NTC是必须要确认的，通常要求30个循环内没有引物二聚体产生。聚合酶链式反应：模板的制备，PCR的模板可以是DNA，也可以是RNA。

Real-time PCR式反应准备：10×扩增缓冲液、4种dNTP混合物（终浓度）、引物（终浓度）、模板DNA、TaqDNA聚合酶、Mg2+（终浓度）、补加双蒸水等。其中dNTP、引物、模板DNA、TaqDNA聚合酶以及Mg2+的加量（或浓度）可根据实验调整，以上表格只提供大致参考值。PCR反应五要素：参加PCR反应的物质主要有五种即：引物(PCR引物为DN段，细胞内DNA复制的引物为一段RNA链）、酶、dNTP、模板和缓冲液（其中需要Mg2+）。引物有多种设计方法，由PCR在实验中的目的决定，但基本原则相同。为了很大限度地减少污染的可能性，调查人员应该为试剂制备、聚合酶链反应和产品分析预留单独的房间。厦门特殊样本Real-time PCR原理及步骤

PCR的另一个限制是，即使是很少量的污染DNA也可以被扩增，导致误导或模糊的结果。厦门特殊样本Real-time PCR原理及步骤

聚合酶链式反应准备：PCR引物设计，PCR反应中有两条引物，即5′端引物和3′引物。设计引物时以一条DNA单链为基准（常以信息链为基准），5′端引物与位于待扩增片段5′端上的一小段DNA序列相同；3′端引物与位于待扩增片段3′端的一小段DNA序列互补。引物设计的基本原则：引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C过多易出现非特异条带。ATGC很好随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列参照。厦门特殊样本Real-time PCR原理及步骤

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