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来源: 发布时间:2022年08月30日

    图1为两轮多重PCR的二代测序建库过程。图2为10个样本100SNPs平均覆盖深度。具体实施方式下面结合附图和实施例,对本发明的具体实施方式作进一步描述。以下实施例*用于更加清楚地说明本发明的技术方案,而不能以此来限制本发明的保护范围。实施例1.基因组DN**段化a.打开Qsonica超声破碎仪,提前让循环水浴降温,工作温度为4℃。b.转移总量为1ug的基因组DNA到,用NucleaseFreeWater(以下称NFW)补足到100uL,震荡混匀,短时离心。c.将,旋紧中轴,插入顶盖,闭合机器,设定打断程序:振幅-25%,on&off为20s-30秒,时长15分钟。开始打断。d.打断结束后,取出,按照顺序排列整齐,开盖。实施例,先配置去除DNA之外的试剂,按照理论值的125%配,震荡混匀,短时离心,分装到96孔板中,每孔加7uL,之后从前面,盖上盖子。震荡混匀,短时离心。。设定程序:25℃30分钟、72℃15分钟、4℃保持。c.结束后,每孔中加入Ligase(单***)和1uL的Adapter,盖上新的盖子。震荡混匀,短时离心。室温下孵育20-30分钟。d.磁珠震荡30秒,充分混匀后,每一孔中加入25uL的磁珠,盖上新盖子。震荡混匀,短时离心。室温下孵育5分钟。e.将96孔板或八联管放上磁力架,等待2分钟,溶液澄清后。迈杰中心实验室设有SLAN 96P、Rotor-Gene Q、ABI 7500、ABI ViiA7、Roche z480等实时荧光定量PCR仪及数字PCR仪!湖北标准迈杰转化医学NGS平台来电咨询

    pcrpurificationkit为德国qiagen公司的产品,产品目录号为y5-28006。。qubittmdsdnahsassaykit为thermofisher公司的产品,货号为q32854。truseqdnapcr-freehtlibraryprepkit为illumina公司的产品,产品目录号为fc-121-3003。kapalibraryquantificationkit为kapa公司的产品,产品目录号为kk4824。miseqreagentkitv3-600cycles测序试剂为illumina公司的产品,货号为ms-102-3003。miseqfgx二代测序仪为illumina公司的产品。实施例1、基于二代测序技术检测68个基因座的试剂盒的制备一、68个基因座的筛选本发明的发明人通过查阅文献和现有二代测序str分型产品获得大量候选的y-str基因座,然后根据中国人群str群体遗传多态性分析结果,**终筛选获得68个基因座,包括67个y-str基因座和1个性别决定amelogenin基因座。湖北标准迈杰转化医学NGS平台来电咨询迈杰转化医学开发的伴随诊断试剂盒,基因突变检测试剂盒,检测范围全。

    商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。3、LifeTechnologiesSOLID:ABI于2007年底推出SOLID系统,之后不断升级至SOLID4。SOLID测序过程中以连接反应取代聚合反应。具体测序流程为:(1)文库制备:将基因组DNA打断,在其两头加上接头,构建成文库;(2)乳液PCR/磁珠富集。此过程与454测序技术类似;(3)微珠沉积;(4)连接测序;(5)数据分析。454测序、Solexa、Solid均是边合成边测序原理,454和Solid均有乳液PCR过程。IonTorrent:2007年454技术创始人罗森伯格创办IonTorrent。LifeTechnologies于2010年收购了IonTorrent,同年推出个人化基因组测序仪PGM。2012年推出IonProton测序仪。Proton更侧重人基因组、外显子组、全转录组测序。PGM测序仪的设计是基于半导体芯片技术,在半导体芯片的微孔中固定DNA链,随后依次掺入ACGT。随着每个碱基的掺入,释放出氢离子,在它们穿过每个孔底部时能被检测到。不需要激光、照相机或标记。现有平台:Solid3,Solid4(100G),IonPGM和IonProton。

    既节约时间又降低测序成本。目前,基于法庭科学领域运用**多的ngs系统为illumina公司的miseqfgxtm系统和thermofisher公司的iontorrentpgmtm系统,但针对以上平台的二代测序商业化str分型试剂盒的研发尚处于起步阶段,主要有powerseqautosystem(promega,madison,wi,usa)、forenseqtmdnasignatureprepkit(illumina,sandiego,ca,usa)和precisionidglobalfilerngsstrkit(termofisher,waltham,ma,usa)。但以上试剂盒涉及的y-str相对较少,三个试剂盒分别包含了1个y-str基因座、26个y-str基因座、2个y-str基因座。同时存在试剂盒价格昂贵,配套的数据分析软件只能针对各自开发试剂盒,参数的设置相对固定,只能对固有基因座的测序数据进行分析,不利于法医学实际应用。因此,构建一种适用于当前主流二代测序检测平台miseqfgxtm系统及开放性测序数据分析软件straitrazor、myflq等,且能容纳更多y-str基因座的复合扩增体系具有一定的意义。技术实现要素:本发明的目的是制备检测更多y-str基因座的试剂盒,提高了父系亲缘关系分析能力和鉴定效能。本发明首先保护引物组合,可包括引物1—引物120;引物1—引物120均为单链dna分子,核苷酸序列依次可如seqid**—seqid**20所示。迈杰基于基因组学、蛋白组学、细胞组学及病理组学等综合性转化医学平台,丰富的伴随诊断开发经验。

    ,需将磁珠固定在特制的PTP平板上。这种平板上含有许多直径约为44μm的小孔,每个小孔*能容纳一个磁珠,通过这种方法来固定每个磁珠的位置。启动测序反应后,每次向PTP平板中加入一种dNTP,如果能与待测序列配对,则会在碱基连接在模板上之后释放焦磷酸,焦磷酸通过ATP硫酸化学酶***荧光素酶产生荧光,通过PTP板另一侧的CCD照相机记录荧光,从而确定目的模板的核酸序列。ABI/SOLiDABI/SOLiD技术原理SOLiD测序技术与454技术的原理比较类似,同样是采用油包水的方式进行EmulsionPCR。不同之处在于SOLiD形成的小水滴要比454系统小得多,只有1μm大小,并且在PCR扩增的同时对扩增产物的3'端进行修饰,为下一步的测序做准备。在PCR完成之后,SOLiD技术进行测序时,其反应底物不是dNTP也不是ddNTP,而含有8个碱基的单链荧光探针混合物,在测序时,这些探针按照碱基互补规则与单链DNA模板链配对,不同的探针的5'末端分别标记不同颜色的荧光染料,每两个碱基确定一个荧光信号,相当于一次能决定两个碱基,因此,这种测序方法也被称为两碱基测序法。 MSH6抗体试剂 苏苏械备20180569号.湖北标准迈杰转化医学NGS平台来电咨询

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    二代测序是一个强大的功能平台,它可以同时给数以万计的DNA分子进行测序。由于这种可以多个样本同时测序的能力,在个性化医疗、遗传疾病和临床诊断等方面,二代测序也就是高通量测序开创了**性的领域。早在1900年代就发明的Sanger测序法,成为了DNA测序的黄金法则,即便到了***它仍被***用来进行常规测序和NGS数据的验证。它利用高保真DNA聚合酶生成与单链DNA模版互补的拷贝。在每个反应中,一个可以特异性识别模版的单链引物,可以从3端开始启动DNA合成,根据碱基互补配对原则,脱氧核糖核苷酸或简单的核苷酸是一个接一个的与模版配对。NGS平台自身的软件大多是做分析及报告的,样本管理或者实验管理一般需要单独上信息化,对整体业务效率还是有明显提高的。 湖北标准迈杰转化医学NGS平台来电咨询

迈杰转化医学研究(苏州)有限公司于2013年成立,其前身为凯杰(苏州)转化医学研究有限公司。基于基因组学、蛋白组学、细胞组学及病理组学等综合性转化医学平台,丰富的伴随诊断开发经验,高质量的管理体系以及高素质的研发管理团队,迈杰转化医学为全球合作伙伴提供***生物标记物发现、靶点验证、新药临床试验病人的分型研究和入组筛选、伴随诊断开发与商业化、患者用药指导检测等一体化解决方案,并已迅速发展成为中国伴随诊断领头创新企业,致力于解决创新药物的研发痛点及患者的用药痛点,助力精细医疗!

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