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天津个性化迈杰转化医学NGS平台值得推荐

来源: 发布时间:2022年08月24日

    二代测序是一个强大的功能平台,它可以同时给数以万计的DNA分子进行测序。由于这种可以多个样本同时测序的能力,在个性化医疗、遗传疾病和临床诊断等方面,二代测序也就是高通量测序开创了**性的领域。早在1900年代就发明的Sanger测序法,成为了DNA测序的黄金法则,即便到了***它仍被***用来进行常规测序和NGS数据的验证。它利用高保真DNA聚合酶生成与单链DNA模版互补的拷贝。在每个反应中,一个可以特异性识别模版的单链引物,可以从3端开始启动DNA合成,根据碱基互补配对原则,脱氧核糖核苷酸或简单的核苷酸是一个接一个的与模版配对。NGS平台自身的软件大多是做分析及报告的,样本管理或者实验管理一般需要单独上信息化,对整体业务效率还是有明显提高的。 迈杰转化医学有多年的药企服务经验,紧跟药物研发趋势,熟悉新药研发动向。天津个性化迈杰转化医学NGS平台值得推荐

    实施例3、实施例1制备的试剂盒的准确性验证1、取1ng标准品2800m、样本一、样本二或样本三(见实施例2中步骤二),按照yfilerpluspcramplifcationkit(thermofisherscientific)的说明书步骤进行毛细管电泳检测,得到各个基因座的等位基因基因型。分型结果见表4。表4注:m为毛细管电泳检测技术的分型结果,e为二代测序技术的分型结果。2、按照实施例2中步骤一的方法检测标准品2800m、样本一、样本二或样本三,得到各个基因座的等位基因基因型。分型结果见表4。结果表明,实施例1制备的试剂盒与yfilerpluspcramplifcationkit重合的基因座,在标准品2800m、样本一、样本二和样本三中的分型结果完全一致。实施例4、实施例1制备的试剂盒中引物具有不可替换性实施例1制备的试剂盒是本发明的发明人经过大量实验获得的,主要包括扩增各个基因座引物的反复调试和引物浓度的摸索。由于复合的基因座数目较多,引物间相互抑制情况复杂,所以试剂盒中用于扩增各个基因座的引物不可替换。1、设计并合成表5中第2列所示的、用于扩增65个str基因座的引物,然后混合,获得引物混合物1。设计并合成表5中第4列所示的、用于扩增66个str基因座的引物,然后混合,获得引物混合物2。 天津个性化迈杰转化医学NGS平台值得推荐迈杰转化医学为客户提供生物标记物发现、 靶点验证、伴随诊断开发与商业化、患者用药指导等一体化解决方案。

    其中扩增dys19、dys388、dys389i、dys389ii、dys392、dys449、dys459a/b、dys485、dys504、dys531、dys626和dys627的引物不同。表52、取标准品2800m,用超纯水稀释,获得浓度为1ng/μl的标准品2800m水溶液。3、以标准品2800m水溶液为模板,分别采用引物混合物1和引物混合物2进行pcr扩增,得到pcr扩增产物。每条引物在反应体系的浓度均为μm。4、同实施例2步骤一中3。5、同实施例2步骤一中4。6、同实施例2步骤一中5。检测结果见表6。结果表明,实施例1制备的试剂盒中的引物被替换后,部分基因座被抑制且引物混合物1和引物混合物2的抑制情况不同。表6注:n与其后数字表示一段碱基序列,其后数字表示序列的碱基数目;“-”表示未获得基因型。上述结果表明,实施例1制备的试剂盒中引物具有不可替换性,本发明的发明人经过大量实验摸索,才获得了试剂盒中的引物组合及引物浓度。

    三代测序简介1、HelicoBioScience2008年4月,HelicoBioScience报道了单分子测序技术,读取单分子荧光的能力,是***家商业化单分子测序技术的公司,但仪器过于较贵,数据质量较差,于2010年停止运营。2、PacificBiosciences单分子实时技术(singlemoleculerealtime,SMRT)利用单分子技术和DNA聚合酶,在聚合反应的同时就可以读取测序产物,在测序速度、读长和成本方面有着巨大的优势和潜力,但目前读取速度偏低。以对单分子DNA进行非PCR测序为主要特征(二代测序平台基于PCR扩增的信号放大过程),长读长,实时,单分子等,但三代测序基于单分子酶学或者单分子电学,信号容易丢失,通量不高,单碱基的测序成本也居高不下。目前主要有RSII和sequel两款测序仪。3、纳米孔测序OxfordNanopore:纳米孔测序的原理可以简单地描述为:单个碱基通过纳米尺度的通道时,会引起通道电学性质的变化。理论上,A、C、G、T四种不同的碱基由于化学性质的差异,它们穿越纳米孔时引起的电学参数变化量也有差异,检测这些变化量,即可得到相应碱基的类型。 迈杰转化医学利用新一代智能技术补充传统医学的检测模式,赋能医疗健康建设,更好地为临床和患者服务。

    P7的序列:5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAG3’。PCR总体系为:2倍PCRMix15uL,10umol/LP71uL,1umol/LOP1uL或OP2uL,DNA5uL,NFW5uL。上述技术方案中,作为推荐,所述步骤4中的PCR总体系10uL具体为:VAHTSSYBRqPCRMasterMix5uL,qPCRPrimerMix1uL,DNA2uL,ROXReferenceDye2,NFW5uL。上述技术方案中,作为推荐,所述的***轮PCR扩增循环数目为10-14。上述技术方案中,作为推荐,所述的第二轮PCR扩增循环数目为10-14。本发明的优点和有益效果在于:提供一种基于多重PCR的二代测序建库技术。在二代测序过程中采用该技术则不需要再购买商业的建库试剂盒,所有反应试剂都可以单独购买组合,极大的降低了实验成本。另外由于在PCR过程中固定了一端的通用引物,极大的降低了多重PCR反应体系中的引物种类和数量,可以有效的抑制非特异性扩增和引物之间的相互干扰,也降低了不同引物间的扩增效率的差异。附图说明为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案,下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图**是本发明的一些实施例,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动性的前提下,还可以根据这些附图获得其他的附图。迈杰转化医学希望能和创新型药企共同探索创新生物标志物的临床应用潜力。天津个性化迈杰转化医学NGS平台值得推荐

迈杰转化医学基于基因组学、蛋白质组学、细胞组学及病理学等综合性转化医学全平台。天津个性化迈杰转化医学NGS平台值得推荐

    67个y-str基因座分别为:dys19、dys385a/b、dyf387s1a/b、dys388、dys389-i、dys389-ii、dys390、dys391、dys392、dys393、dyf399s1、dyf404s1a/b、dys437、dys438、dys439、dys443、dys444、dys446、dys447、dys448、dys449、dys456、dys458、dys459a/b、dys460、dys481、dys485、dys504、dys505、dys508、dys510、dys518、dys520、dys522、dys527a/b、dys531、dys533、dys549、dys552、dys557、dys570、dys576、dys587、dys593、dys596、dys612、dys617、dys622、dys626、dys627、dys630、dys635、dys641、dys643、dys644、dys645、dys710、dys720、y-gata-a10、y-gata-h4;其中,dys385a/b、dyf387s1a/b、dyf404s1a/b、dys459a/b、dys527a/b分别包含两个分型片段,dyf399s1包含三个分型片段。二、引物组合的制备1、人工设计并合成用于扩增每个基因座的引物(要求扩增长度**好300bp以下),然后进行pcr扩增,获得每个基因座的特异性扩增产物。2、综合单个基因座的扩增条件,选择适宜扩增程序,进行复合扩增。由于复合的基因座数目较多,引物间相互抑制情况复杂,所以需要一一排除,找出这些基因座,重新设计并合成引物。此外,不同基因座的引物之间还会形成引物二聚体。 天津个性化迈杰转化医学NGS平台值得推荐

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