数字PCR采用的策略概括起来非常简单,就是“分而治之”(divideandconquer)[1],这种做法非常类似于计算机科学中的“分治算法”,将一个标准PCR反应分配到大量微小的反应器中,在每个反应器中包含或不包含一个或多个拷贝的目标分子(DNA模板),实现“单分子模板PCR扩增”,扩增结束后,通过阳性反应器的数目“数出”目标序列的拷贝数。在实际的数字PCR实验中,事实上是通过呈现两种信号类型的反应器比例和数目进行统计学分析,计算出原始样本中的模板拷贝数。双通道荧光检测,支持EvaGreen染料及探针法。深圳数字PCR简介
数字PCR检测及分析原理在上世纪90年代就被提出来了,但是无奈受限于当时的技术条件,样本稀释及分配都是靠手工来完成的,受到很多因素的干扰和限制;并且结果分析对于研究者来说也十分枯燥与繁琐,因此在很长一段时间dPCR发展停滞不前。后来由于微流控技术与微纳集成制造工艺的发展解决了dPCR过程中的几个关键技术问题,推动了dPCR的研究与商业化的发展。目前根据dPCR样本稀释分配的方式,基本可分为三大类,一种是基于大规模集成微流控芯片;第二种是使用微反应室/孔板;第三种是微滴式。但不论是走芯片式还是微滴式,其基本原理都是将大量稀释后的核酸溶液分散至芯片的微反应器或者微滴当中,每个反应器的核酸模板数少于1或者等于1。经过PCR扩增之后,有一个核酸分子的模板的反应器就会给出荧光信号,没有模板的反应器没有荧光信号。根据相对比例和反应器的体积,可以推算出原始溶液的核酸浓度。深圳数字PCR简介高灵敏度——数字PCR的灵敏度与同体积反应体系的分割份数成正比。
研究方向甲基化含量鉴定作为表观遗传学研究中重要的一个研究方向——甲基化程度分析,现阶段有不同的方法或技术来进行研究:如传统的亚硫酸氢盐处理后的克隆测序统计法、抗体检测法、定量PCR检测法等。这些方法皆因方法学的问题而不能获得精确的定量,而微滴式数字PCR系统通过对样品的微滴化处理及目标因子的***拷贝数定量,为甲基化程度的精确定量检测提供了一种全新 的技术。*****的伴随诊断常用体液来源(如血液,胸腹水,唾液及尿液等)的待检标本中的DNA,有正常脱落体细胞和病变脱落细胞两种来源,前者的量远大于后者。通过微液滴处理能在每个微液滴中有效减少正常体细胞DNA的干扰,实现**标记物的有效检测,如EGFR,ALK,ROS1,KRAS、BRAF等基因的突变检测、乳腺*/胃*的HER2基因扩增检测等,应用于**精细医学的伴随诊断。
数字PCR也叫DigitalPCR(dPCR),是近几年发展起来的一种核酸定量分析技术。相较于传统荧光定量PCR来说,数字PCR对结果的判定不依赖于扩增曲线循环Ct值,不受扩增效率的影响,能够直接读出DNA的分子个数,能够对起始样本核酸分子***定量。数字PCR基本原理是将一个样本分成几十到几万份,然后再将其分配到不同的反应单元中,使每个微滴单元包含一个或多个拷贝的核酸分子(即DNA模板),每个单元都会对目标分子进行扩增,然后再对每个单元进行荧光信号的统计并计算。相对而言,传统PCR或qPCR反应都是发生于同一体系当中,这也是数字PCR与其比较大的区别。FAM、VIC双通道荧光检测。
与常规的PCR的方法相比,dPCR有很好的优势。***定量常规PCR和实时荧光PCR定量检测都需要已知拷贝数的标准DNA制定标准曲线,由于样品测定在各种条件上不会完全一致,会造成PCR扩增效率的差异,从而影响定量结果的准确性。而ddPCR不受标准曲线和扩增动力学影响,可以进行***定量。样品需求量低在检测珍贵样品和样品核酸存在降解时具有明显的优势。高灵敏度ddPCR本质上是 将一个传统的PCR反应分成了数万个 的PCR反应,在这些反应中可以精确地检测到很小的目的片段的差异、单拷贝甚至是低浓度混杂样品,且能避免非同源异质双链的形成。高耐受性由于目的序列被分配到多个微滴中,***降低了体系间的影响以及背景序列和***物对反应的干扰,扩增基质效应大大减小。您了解数字PCR仪的优势吗?深圳数字PCR简介
不依赖Ct值,无需标准曲线。深圳数字PCR简介
相对于二代测序、基因芯片和定量PCR而言,数字PCR具备以下优势:·能够有效区分浓度差异微小的样品:更好的准确度、精密度和重复性,可以用于精确测定靶基因的相对表达,基因拷贝数变异分析等。·数字PCR可开发针对不同**、不同样本以及不同的样本环境提供检测解决方案,该技术的应用范围广,尤其在液体活检领域,已开发针对肺*、乳腺*、肠*、胃*等上百个位点检测试剂盒,可精细指导临床***的诊断,以便患者在后续得到更及时并且适当的***方案提供。深圳数字PCR简介
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