避免将菌肥放在阴暗处保存。使用微生物菌肥时应尽量避免与未腐熟的农家肥混用。因为未腐熟的农家肥在发酵过程中会产生高温而杀死微生物。同时呢避免与碱性肥料混合使用，微生物菌肥虽然肥效好，但如果施用不当，也会造成一定的损失，所以要掌握以下几点：使用微生物菌肥时，可与其他化肥、农药等配合使用，以发挥综合效应。微生物菌肥不能与杀菌剂混合使用，否则会杀死菌肥中的有益菌，达不到应有的效果。微生物菌肥不宜长期单独施用，要和其他肥料配合使用。微生物菌肥不宜在阳光下暴晒。微生物菌肥不要随意减少用量和用量的减少。微生物菌肥也不宜长期存放在阴凉干燥处，要注意防潮、防晒。微生物菌肥不能随意存放在水中或冲淋。所以应该存放在干燥阴凉的地方。 碱保抗盐碱微生物与农作物发生相互作用，诱导农作物产生抗盐碱的次生代谢产物。广西农业微生物菌剂
农业生产中常见的微生物菌剂：地衣芽孢杆菌（bacillus licheniformis）地衣芽孢杆菌是一种革兰氏阳性腐生性微生物，广分布于土壤和其它自然环境中，具有耐热、酶系丰富、产酶量更高和安全等诸多优良特性,被认为是较理想的工业生产菌株。与枯草芽孢杆菌相比，地衣芽孢杆菌生长温度高5～7℃；其次，其生长速率适中，容易使刚跨膜的未合适折叠得蛋白充分折叠；此外，地衣芽孢杆菌分泌蛋白至培养基中的能力大约是枯草芽孢杆菌的2倍，异源蛋白表达水平已报道达到20～25mg/ml，为所见报道的所有芽孢杆菌表达水平比较高者。地衣芽孢杆菌是我国农业部2003年318号公告批准使用的饲料级菌株之一。广西农业微生物菌剂微生物菌剂助力作物抵御逆境，提高抗逆性。
固氮类芽孢杆菌属(Paenibacillus)固氮类芽孢杆菌是一类能产生芽孢，具有固氮能力的革兰氏阳性细菌。这类菌除固氮活性和抗逆力强外，有些菌株还具有促进植物生长，对植物病原菌有抑制作用，耐贮藏等特点，被认为是制备微生物肥料的优良菌种之一。固氮类芽孢杆菌属于非共生固氮菌，可以广定植在多种植物的根部，甚至进入植物的根、茎及叶，但不形成根瘤，其固氮作用的发挥不受植物种类的限制。甲基营养型芽孢杆菌(Bacillusmethylotrophicus)甲基营养型芽孢杆菌是MunusanyMadhaiyan等人2010年报道的新种，作为芽孢杆菌属的一员，甲基营养型芽孢杆菌作为生防病菌的研究越来越多，其在农作物病害生物防治领域正扮演着越来越重要的角色。
除了使用微生物菌剂肥料外，还有其他一些方法可以改善土壤活化性状，包括：合理施肥：根据作物的需求和土壤的状况，合理选择和使用化肥。化肥的使用量和使用方式需要注意，避免过度施肥导致土壤污染。同时，有机肥料如堆肥、厩肥、绿肥等也可以改善土壤的结构和性质。耕作和轮作：通过合理耕作和轮作，可以改善土壤的结构和通气性，增加土壤的保水能力和养分含量。例如，深翻耕可以促进土壤团聚体的形成，提高土壤的透气性和保水能力。轮作可以减少土壤病虫害的发生，改善土壤的肥力和保水性。微生物菌剂在改善土壤理化性质方面发挥积极作用。
基本原理：微生物具有容易变异的特性，因此，在保藏过程中，必须使微生物的代谢处于不活跃或相对静止的状态，才能在一定的时间内使其不发生变异而又保持生活能力。低温、干燥和隔绝空气是使微生物代谢能力降低的重要因素，所以，菌种保藏方法虽多，但都是根据这三个因素而设计的。保藏方法：传代培养保藏法又有斜面培养、穿刺培养、疱肉培养基培养等（后者作保藏厌氧细菌用），培养后于4—6℃冰箱内保存。液体石蜡覆盖保藏法是传代培养的变相方法，能够适当延长保藏时间，它是在斜面培养物和穿刺培养物上面覆盖灭菌的液体石蜡，一方面可防止因培养基水分蒸发而引起菌种死亡，另一方面可阻止氧气进入，以减弱代谢作用。载体保藏法是将微生物吸附在适当的载体，如土壤、沙子、硅胶、滤纸上，而后进行干燥的保藏法，例如沙土保藏法和滤纸保藏法应用相当广。寄主保藏法用于目前尚不能在人工培养基上生长的微生物，如病毒、立克次氏体、螺旋体等，它们必须在生活的动物、昆虫、鸡胚内感“染”并传代，此法相当于一般微生物的传代培养保藏法。病毒等微生物亦可用其他方法如液氮保藏法与冷冻干燥保藏法进行保藏。冷冻保藏法可分低温冰箱-20—-30℃。 硒砂瓜生长过程中产生的酚酸类自毒物质，三剑客能够快速将其分解。广西农业微生物菌剂
微生物菌剂中的微生物与作物形成共生关系，提高作物抗逆性。广西农业微生物菌剂
巨大芽孢杆菌(Bacillusmegaterium)巨大芽孢杆菌属于芽孢杆菌属，是一种好氧产芽孢的革兰氏阳性细菌，菌体直径大于1.0微米，俗称“大芽孢”菌，是一种有益的土壤细菌。巨大芽孢杆菌已被证实是一种有效的解磷促钾细菌，能分解土壤中的无机磷、吸附态有机磷，进而提高其肥力乃至作物产量。巨大芽孢杆菌属于微生物肥料中的常用菌种之一，可在作物根际定殖，并能将土壤中的磷、钾转化为磷、钾，进而提高土壤肥力。同时，菌体溶解后所释放出的可溶性磷钾能促进作物对上述营养成分的吸收利用。巨大芽孢杆菌可防治不同植物的细菌和病害（如灰霉病、水稻纹枯病、毛竹枯梢病、香蕉灰斑病等），其本质上是一种抑菌普较广的生株。此外，秦健经研究发现，巨大芽孢杆菌可产生一种名为伊枯草菌素的抑菌物质，其在多种环境下具有较为稳定的抑菌活性。巨大芽孢杆菌能降解一些顽固的难降解的杀虫剂,因此对环境具有十分重要的作用。前期研究中发现巨大芽孢杆菌可增加土壤镉（Cd）的有效性，但对其活化过程及机理并不清楚。广西农业微生物菌剂