病毒宏基因组学文库中包含兆级的短序列片段（Reads）。通过不同的序列拼接软件将Reads拼接较长的DNA序列片断（Contigs）。数据组装可通过K-mer分析评估各个样品的测序深度，通过对SOAPdenovo设置不同K值，筛选较好组装结果，对较好组装结果进行校正，并统计Reads利用率。接着利用已测序生物体的DNA序列构建数据库，将拼接后的Contigs通过不同的鉴定方案，与数据库里的DNA序列信息进行比对，确定该序列来自的生物群落，筛选有用的基因信息。此外，还可以用一些工具对序列进行基因预测（如Metagene、GeneMark、FragGeneScan等）。有很多微生物通过传统技术是无法鉴别的。土壤微生物多样性测序检测
宏基因组是指特定环境中全部微生物遗传物质的总和。宏基因组测序以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象，不需对微生物进行分离培养，而是提取环境微生物总DNA进行研究。其摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制，在基因组水平解读微生物群体的多样性和丰度，探索微生物与环境及宿主之间的关系。目前，第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被普遍应用。第二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点，加快了宏基因组测序在鉴定低丰度的微生物群落，挖掘更多基因资源方面的应用。土壤微生物多样性测序检测所谓宏基因组学就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象。
状病毒的发现，病原宏基因组测序功不可没：对一种新病毒进行鉴定和检测，其中非常关键的步骤就是获得病毒的全基因组信息。在此次监测和防控中，病原宏基因组测序发挥了至关重要的作用，利用其技术优势，研究人员在五天内就鉴定并分析出的基因组，而2003年SARS的鉴定耗时5月余、2013年H7N9的鉴定耗时1月余。2019-nCoV为线性单链RNA（ssRNA）病毒，基因组全长包含29903个核苷酸，10个基因。病毒基因组序列为进一步分析其传染机理，传播途径，药物靶点等提供了有利的支持。
探普生物对样本进行宏病毒组测序实验基于二代测序技术。经过核酸纯化-文库构建-生物信息学分析这3大基本流程后，样本转换成了序列数据。先，在核酸纯化环节，探普提供专门针对病毒的核酸纯化样本指南，以提高纯度和得率，与此同时探普生物也提供核酸纯化服务。第二，文库构建环节。样本的核酸具备浓度低，总量少的特点。探普生物专门针对这一点开发了超微量核酸文库构建，可以将0.01ng/μl甚至更低浓度的核酸构建成测序文库。第三，生物信息学分析环节。寄生性质的生物下机数据一般都伴随大量的宿主和其他微生物的数据。探普生物基于该特点，优化了自有数据库，搭载了的生物信息学分析流程，可处理复杂背景下的目标物种序列。对人和动物具有致病性的微生物称为病原微生物，又称病原体。
病原宏基因组测序可与实时荧光定量PCR（RT-PCR）技术联合使用，实现优势互补。“RT-PCR由于其检测速度快、操作流程简单、成本较低的原因，更适用于大规模的筛查中，以便快速获得是否为冠状病毒核酸阳性的初步证据，而对于RT-PCR检测阴性、但临床表型高度疑似的患者，利用mNGS进一步确认可有效提高检测结果的可靠性，并获得是否有其他病原体传染的信息。”对于RT-PCR检测阳性的样本，也可以进一步利用mNGS进行病毒全序列的分析，从而帮助获得病毒是否发生变异的信息，为疫苗、药物研发等方面提供可靠证据。可利用不同底物产生的不同代谢产物来间接检测该微生物内酶的有无，来达到检测特定微生物的目的。土壤微生物多样性测序检测
传统Sanger测序相比,NGS技术的发展使得一个小的研究小组可以拥有大量病毒株的全基因组序列。土壤微生物多样性测序检测
在探普生物进行宏病毒基因组测序的流程非常简单，简而言之，客户只需要说清楚样品情况，准备样品即可，其他事宜都由探普来进行安排。大致流程如下：1)与销售人员沟通项目需求和样本情况；2)探普生物工作人员拟定项目合同，双方协商合同内容后签字盖章；3)按样本准备指南准备好样本，填写信息单后通知销售人员预订干冰，安排样本寄运输；4)客户支付项目启动款，探普生物启动项目实验和分析并提供测序报告；5)客户支付项目尾款，探普生物提交测序数据和分析结果；6)售后问题处理，项目结题。土壤微生物多样性测序检测